L'Aigle royal est un rapace des grands espaces ouverts où il peut chasser des proies de grande taille, et ce quelles que soient l'altitude et la latitude. Du nord au sud, on le trouvera ainsi lié à la toundra arctique, aux milieux alpins, aux différents types de steppes, enfin aux déserts et semi-déserts. Il recherche habituellement les parois rocheuses pour la nidification, mais les variations locales sont nombreuses. Il peut même nicher au sol dans des endroits reculés dépourvus de falaises mais riches en proies. Dans le nord de son aire, il lui arrive de nicher sur un arbre bien que n'étant pas du tout un forestier. En Europe de l'ouest, on le voit surtout comme un montagnard chassant la marmotte dans les alpages, mais c'est une vue réductrice de l'ensemble de son habitus.

La taille de son territoire dépend de l'abondance de ses proies et de la densité spécifique. Il peut s'étendre sur des 10es de km².

L'aire est le plus souvent construite dans une falaise à un endroit inaccessible et dominant, parfois dans un arbre.

Elle est faite de branchages, certains de forte taille, et garnie d'éléments verts. Elle peut mesurer jusqu'à 2 m en largeur et plusieurs mètres en hauteur avec l'accumulation de branchages nouveaux au fil des ans. Le couple possède généralement plusieurs aires qu'il occupe en alternance en fonction des circonstances, les mieux placées l'étant de générations en générations. En mars ou avril, la femelle y pond 2 œufs blanchâtres tachetés de brun qu'elle incubera durant 45 jours environ. Au début, seul le mâle chasse pour nourrir la femelle puis la nichée. La femelle ne quittera le nid que lorsque les jeunes seront suffisamment développés pour rester seuls. Les aiglons quitteront le nid à l'âge de 2 mois à 2 mois 1/2 mais resteront encore longtemps sous la dépendance des parents, parfois même jusqu'au début de l'année suivante.