| Le Café Terminus sera la cible d'un attentat anarchiste le 12 février 1894 fomenté par Émile Henry qui sera rapidement arrêté par la suite. Restaurée en 1936, la gare présente toujours, côté cour de Rome, son bel escalier double auquel on a ajouté un escalier mécanique. En 1907, un projet de gare souterraine dédiée aux trains banlieue est mis à l'étude, mais il demeure sans suite Le 3 janvier 1908, une émeute de voyageurs mécontents est provoquée par une panne de signalisation due au gel, mais surtout par une succession de multiples incidents les semaines précédentes. Se voyant refuser des bulletins de retard par la compagnie de l'Ouest, certains brisent des carreaux ou des bancs et s'en prennent au personnel présent avant l'intervention de la police. L'affaire fait l'objet d'articles dans les quotidiens nationaux avant d'être portée devant la Chambre des députés par Maurice Berteaux En 1972, la ligne de Saint-Germain-en-Laye, intégrée à la ligne A du RER est transférée à la RATP et aboutit à la nouvelle gare souterraine de la rue Auber dans le quartier de l'Opéra, située à environ 500 mètres au sud-est. La gare Saint-Lazare perd alors sa ligne historique et un important flux de voyageurs. Ce détournement augmente encore avec le raccordement de la ligne de Cergy, ouverte en mars 1979, au RER A le 29 mai 1988, suivie par la ligne de Poissy en 1989. De nos jours, la gare Saint-Lazare dispose de 27 voies à quai et est en correspondance avec plusieurs lignes de transport urbain (métro, bus et RER). En novembre 2008, la gare connaît une présence importante de rats qui serait due à des travaux dans les parties souterraines de la gare. Cependant plusieurs campagnes de dératisations ont eu lieu pour régler rapidement le problème. Le 13 janvier 2009, la gare a été l'objet d'une fermeture totale en cours de journée, fait extrêmement rare, suite à une grève spontanée des conducteurs par crainte de débordements de foule. | 
